#Supplementary file 2 #Please use Notepad++ to display these sequences. >5' and 3' primers(38, 62) ACACTAGATCGCGTGTGCAATGAAGTCGCAGGGTTGGG AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGTACTCTGCGTTTGATACCACTGCTTACACGCGATCTAGTGT >reverse complimentary 5' and 3' primers ACACTAGATCGCGTGTAAGCAGTGGTATCAAACGCAGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT CCCAACCCTGCGACTTCATTGCACACGCGATCTAGTGT NC_012920 The reference genomes of human mtDNA; NC_024511 The reference genomes of Drosophila melanogaster mtDNA; MK374364 The reference genomes of Erthesina fullo mtDNA; NC_000932 The reference genomes of A. thaliana cpDNA; ############### # CCS reads # ############### #278,234 CCS read IDs are provided in supplementary file 1 (s1.zip); #The IDs can be used to extract sequences from the data (SRA:SRR17520069), including: 1 55702 Double5 artifacts 55703 63140 Double3 artifacts; 63141 64411 Transcripts contain no primers at 5 and 3 ends; 64412 155225 Forward full-length transcripts; 155226 245428 Reverse full-length transcripts; 245429 253959 Transcripts with forward 3-primers; 253960 261249 Transcripts with reverse 5-primers; 261250 268374 Transcripts with reverse 3-primers; 268375 275068 Transcripts with forward 5-primers; 275069 278234 Artifacts of unclassified types. ############### # polyA sites # they are typical ones, more data is included in supplementary file 1 ############### 16S-rRNA(MK374364:12466-13742) is a full-length transcript of E. fullo mtDNA 16S-rRNA(MK374364:12466-13677) is a double-3 artifact. the polyA site is starting from 13678, AAAAAAAA. ######################################################## # 3' primers with polyTs and 3' primers without polyTs # ######################################################## >SRR17520069.15064743 ACACGAGGATCGCTTAGCAGTGGTATCAACGCGAGTACTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGAGGGGTTTT TTAGGTTAACTTAATCGATTATGAAAAGAAAAAGGTAAAGTACTTTGAAGTTTGATTGTTCTCTAAATGAACGTTTCTTCTTCTACATGTAGAAAAGGATAAATAAATTAATCAAATTCCGGGAGGCTTGATGAAGTGCTTCTTTAGGAGTAAAACTTCCATTTGTCCATATTTCTAGAAAAAAATCTCTTGTTTTTTCATTCCCATTCCCATAAGAATGAATACTATGATTGGCATTTCAACAGGCATGAATACAGCATCGATAGGATAACTTCTGTCTTCAAAGTTATTGACATTTTAGACTATATCCGCGATTCCTCTCATTTTTTAATTCAATACACAAATCTATTGGTCTGTTAAGGTAGCTATATGCTTGTGTATTATCAATGATTTCCACAGCGGGCGGTAAAATAATGTCTCGACAGTTATATATCCAGGACCTTGGACACAAATCAGCGCGTTGCGCGTTCATATAGCTTAACTTTTCCTTATACAATTCGTTCAATTCATTAAAAATTTCATGTACTTGATTCTTGAATACTGCTATGTTAGAATAGTCATGTGGTATGTTCTCAAATTTTTGCACGTGTATACATTTTCCTTCTATTTGCCATAAGCCTCTTCGCATCGCAATGCCTATTGTGTTCCCGGGCCCCCTTGGGGGCCCCCCCCCCTTTCATAGTGGAGACAGAATAAGCGTTCCATATAAAGCATCTTACTGTCTTCTTTTTGATTCAACACCTTCCCACTGTATTGTCCGAGTAGATACTTTGACTTCCTCTCGAACCATAGTAATTTTTATTTGGATCAGATCGTTGAATCGTTTATTTCTCTTGAAACCCTTTTAGCCTTTTTTAGTTCTATACACGTCTTTTTTTAGGGTCTACAGACATTATGTGGGCATAGGGGTTACATCTCGTACGAACTTAAAAGTATACCGCTTCTACGAATAGCTCGTATGCCGCATCTCTTCCGAGTCCAGGCCTTTTTATCCTTACTTCCGGCTCGTTGCATACCTTGATCCACTACTCTCTAATAGCAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTCCTGCTGGCGTTTTGGGCAGCAAAGGGTTGTTCTCTTCTTGTACCCCGGAATCCACAAGTACTGCGGATGACCAAGATCACCCGACCCCGTACATCTTTAGACGGTTACAATGGTATGTTTGAAACTTGGGCTTGAACATGATAACTCCCTTGGTATTCTACGTACATTTTTACGTGAACCACTAGCGTGATTTTACGCGACACCATTCTTAATATAGGTTTTGCCATTTTTTTTTCATTTCACAAGAAATATATGGATATTCCATTTCCGTCAAAATAGACCCTTTTTTCCAACTCTTTGGAGTGCCTTTTCTTTTAGCTTTAGTTCTTCCTTTAGTAAGATTATCCGTGTCTTTGTTTATGCATCGGGTTGGAACAAATTCTATATTCGTCCCCTCTGCGGATTAGTCGACCACTTTTCACAAATTTTACGACGGAAGCCCTTATTTTCATAGTTGTTATTCCTTAATTCTGTGAATAAGTATTTATTGGTGACGAAAAAAAGGTTTCTTGATATTTTGCATCTTGAATTGTATCTACGTGAATAGGATGGTTGAAATGAAAAAACCACTTACTCCTTTGAATGACTTATTATGGGAGTCTGAAATGGCTTCCCATTATTAATTATACTTAAGAACTTACTCAAAATTTTACCTTTTTATCCTATAGGTATACCTAATAAAAAATATGTCCAATCCTTTCGAAGCATGACGAAAAAAAAATCTTTAGTATCTAACAAAATCGAACCCTGCGGTTCGGAAGTGATTAAGAAAGAAAACTTTTATTAATTCATTTTTCTTTAATTTTCATTCGATTAAAACCCCGAAACTTTTTGAACAGGGGTGGTATTACACAACCCCTTTTTTTCACAAATTGTAGAGTTACAGATATCTAATTTTTATATTAGAAGGTACAATATATCCACAAAATTTCTCCCCGATTCTTTTAGTCCGAGCTTCTCGGTCTGTCATTATACCTGAGAAGTCGAAAGGAATTACAATTCCTATTCCGCTAAAATTCGTGGAATTCCGTTGAGAGTTAAGAATAGAGTCGTAGACCGGTCGACTTTTCTCTTTAATTTAAATCGTTTTTGTAAGGATTCTTTCTTATTTCGTCTATGTCTTAGGGGTAAAATCCAAAAATGATTGGTTGTTTTCGGGGGGGGGGGGGGTGGAGATGTTTCCTTACGTTTTCGATAAAACCCTCTCGTAAAAGGATTTTAACAATACTTTCCGTGATGTTCGTCTATCCTATCCGAACCGTTCCTTTTCTATTCATGTCAGCATTTCGTATAGAGGTTATTATATCAGCAATGGTGTCTTTCCCATGATAAGTTTACAATTCCTTATTGTTCATAATTTTGATATAATCAACAGTTCTTTTTTCTTTTATTTATATATAGATATAGACGATTATATATTAATATATGAATTAAATTCTTAATATTTTTATTATTAGGGTATTATGCGTGATACAGAATCTATAATTAATTTATTTTCAATACCTGTTTTTTTAATCCGATACTAACTATCGCTATCGATAATTTAAATCTTATAATACCTCAGGAGCTAATGAACTATTTTAGTAAGTTTAAATTGTCTCAATTCCCGTGGGATCGCCCCAAAAATTCGAGTTCCTTTTTGGATCTTCCTTCTTGATCAATGACAACTGCGGCATTGTCATCATATCGTATTATCGTCCCATTTGTTCCGTTTGAGTTTCTTTAACATATACGTACAATTACAAGCTCTAATCACTTCTTGATCTTTCTAGAGGAGTATTTGGTATTGCTTCTTTGATTTACAGCAACAATAACGGTCACCATATGAGCATATCGGCGATTACTAGCTCGCTATTATTCGAATACACATCAATTCTCTAGCCCCGCTGTTGTCCTGCTACATTCAAATAGGTTTGTGGTTGAATCATTCATTTTTTTTGTATCTCTTCCTTTTAATGCAAAGGACGAAGTAAAAAAATATGTTTGTCAAAAAAAGAAAACTTATACTCTTTTTACCCTTAAATGTTATTTTAGTTTTTTTCATTATATGATTGCTATTTTCAGAATATGAATTGGGTTTTATACCTTTTTGATGCGCTATTGAAATAGCTTTTCTTGCTACGATTTTTCGGGTACACCACCCATTCATAAAGGATTTTTACCTGGTTTTAACCACAGCTACCCAATACTCAGGGGATCCTTTCAAGACACCCTACGCGTTTCCGCAGTCTTACTGGTAACTGGTTTGTCTGGAAATATACGTACCCAAATTTTTTCCACCACTCCGTCATTTTCGTGTCATTGCGCGTCGCCCTGCTTCTATTTGTCTAGATGTGAATTCCCAAGCGGGTTCAAGTGGGTTGAAGAGCATATCTGCCAAAACAAATACGAATTCCCACGAGAAGATATTCCTTTAGTCTTCTCGATGTTGTTTACGAAGTCTGGTTCTTTTTGG ACCTAAGCATAGCAATTATATCAAAGGAGTGTTGATGGAAATTTTTATCATCTTATAGAATTGCTTATTTTATTTTTAACATAAAAAGAAGACTGCAATTTTTATTCTGTCTGTATCGTGTTTATATTGGAGGGTGTGTTTTATCGTCGGATAAAAGTAAAGATAAAGAAAGTTTTTTATTCTTCGTCCTACGATAATCCAAATTTTTTTTCCTAAAACCCCATAAAATAGTTTCGAACTGTCTAGGAACAATAATCAATTTTAGTCTTCAATTGTTTGTAAAAACCTCTGCGTTGATACCACTGCTTACCGCGATCT ########################### # TISs on the light strand# they are typical ones, more data is included in supplementary file 1 ########################### -37/-12/+1-25/(Genomic position of +1)/count/5' sRNAs CTGCTAACCCCATACCCCGAACCAA CCAAACCCCAAA GACACCCCCCACAGTTTATGTAGCT(NC_012920:564) AAAATAGTAAATAATAAAAAAAAAA AAAAAAAAAAAT GAAAATTATATTATTAATGAATTGC(NC_024511:19510) ATTGATCATTACATAGAATTCAATT AAGATATTGTAT GAAAATATTATTTCTTTCATTCTCA(6853)/2678/no 5' sRNAs ATTGATCATTACATGGAATTCTATT AAGATATTATAT GAAAGTCGAATTTCTTCCACTCTAT(85%) ATTGATCATTACGTAGAATTCAATT AAGATATTGTAT GAAAGTGTGATTTTATTTGATTC--(88%) TTCGACAAAAGGTTAATTTATATGC AATAATTGCATT GTAGCGGGTATAGTTTAGTGGTAAA(8643)/39/86.77%(210/242) TTCGACAAAAGATCCTTTTATATAC AATAATGGTATT GTAGCGGGTATAGTTTAGTGGTAAA(89%) CTTGACAAAGGGTAGCGTTGGTATC AGAATTTACAT- GTAGCGGGTATAGTTTAGTGGTAAA(78%) TTTACATATACTCATCATTACTGTT ATAATTTAAATT GAAGAAGATTTCTTTTTAATTGAAA(27152)/262/no sRNAs TTGACATATATTAACAGTTGTTGTT ATAATTGAAATTACA GAAG--GATT-CTTTTTCAATAAAA(74%) NA CGGGTGCCGCCTCAGCAACAAACTT TAAATAACAAAC GTAGGAAAAGACTCTTTATACTTTC(27469)/10/8.95%(6/67) NA NA TTTTTGACTCTGCACCAGTGATTTC ACTATTATTAGT GAACAATAATGGAATAGTTTCTTCA(28037*)/50/22.20%(2/9) TTTTTGACTCTGTACCAGTGATTCC ACTATTATTA TAAAAATTTTAATGAAAAAAAAATAATAA(94%) TTTTTGACTCTGTACCCTTGATTCT ACTATGATTATT CATCAATAGTAGAATAATTCCTTCA(79%) AATTAAACCAAGACGGCCCTTTTAA CTCAGTGGTAGA GTAACGCCATGGTAAGGCGTAAGTC(31393*)/79/10.77%(64/594) ATTGAATCAAATGAGGCCCTTTTAA CTCAGTATGGTAGA GTAACGCCATGGTAAGGCGTAAGTC(88%) AATTGAAT-AAGAAG-CCCTTTTAA CTCAGTGGTAGA GTAATGCCATGGTAAGGCATAAGTC(89%) TCCGATAAGGGGCTTTTACGTTCTT TACTTTCTAATA GTCAAAATTTCATTTGAAAGTCTAT(31464)/44/1.75%(1/57) TCCGATAAGGGGCTTTTTACTTTTT TTCATAAAATGCT GAGAGTAGTATTCCTATTTGACAG(89%) NA TTACGTTCTTTACTTTCTAATAGTC AAAATTTCATTT GAAAGTCTATAATTTAATTTCAAAT(31479)/407/no 5' sRNAs TTACTCCTTTACTTTCAAAAACTCA TAACCTTCTTTA AAACAAAAATATTATCCATTTATAG(73%) NA GTTGCGCTATACATATGAAAGAATA TACAATAATGAT GTATTTGGCGAATCAAATATCATGG(54781)/3340/86.46%(32/37); GTTGCGCCATACATATGAAAGAGTA TAGAATAATGAT GTATTTGGCAAATCAAATAGCATGG(92%) GTTGCGCTATATCTATTAAAGAGTA TACAATAAAGAT GGATTTGGTGAATCAAATCC-ATGG(85%) ATGGGTTTTTCACTCTATTTTCTAT ATAATCTCGAAA GAAAAAAACCTAAAACCTCGAAAGG(65037)/582/no 5' sRNAs NA NA ATGTACATCTGTAATTATATATATT ACTATATATAAT GTAATACAATAAAGAAGAAAGAAGG(66894)/915/19.96%(1/5) TATATATAATAAT ATAATATATAAT AAAATACAATAAAAAAATTAGAATT(78%) ATATGGAATGCAAT ACAAAAAAAAAG A(81%) TGGCGACTAGGGTTGCTGTTTCCAT TATTATAGAATT GAAAGACCACACCGGATCTATGCTA(74393)/463/14.30%(116/811) TGGCAATTAGGGTTGCTGTTTCCAT TATTATATAATA TCAAGACCACAATGGATCTTTATAG(86%) TGGCGACTAAAGTTGCTGTTTCCAT TTTTATAGAATT TCAAGATTACAATGGATCTAATCTT(84%) CGGATCTATGCTAAGATCATTTATT TACAACGGAATG GTATACAAAGTCAACAGATCGTAAT(74442)/2609/80.51%(760/944) CTTATATAAGGTAAGATCCTTTACT TTAAGCGGACGG GTTTACAAAGTCAAGCGATCTCAAT(75%) CGGATCTACGAAAAGATCGTGTATT TACAACTACAAC GGAATAGTATACAAAGTCAACATAA(79%) GTATGCAGGTCTAACAATTTTAGCC TATTCTCCTTTG GTAGTTCGACCGCGAAATTTTTTTC(74795)/5021/96.84%(4194/4331) AAATGCAGGTCTTTGATTTTTAGCC CATTCTATTTCGATTTG GTAGTTCGACCGTGAAACTTCTTT(77%) ATGTCTAGAAATGTAGAGCTTAAAG TAGAAAGGCTCTTTTG GTAGTTCGACCGTGGAATTTTTTCC(92%) AACATCATATCCATAGTTAGCGCAT TCATCATAGTTA GAAGCTCCAGCTCCGTATCAAGTTC(147033)/10/no 5' sRNAs CCCATAATATCCCTAGGTATCACAC CCTCCATAGCCA TAAACTTCAGCTTCCTATCAAGGTC(72%) NA ########################### # TISs on the heavy strand# they are typical ones, more data is included in supplementary file 1 ########################### AATTCATATCCATTAGATTCTAATT TCACTCTATTTA GAAACATATAAAAAACAAATTTCCT(118989-)/5 AAACAAAAAATGACGAATTCTTACT ACATTCTTATTC CAAAAGAATAAATGACAAATTTTAT(70%) NA TCTAACGACCTACGCTTTTTGTTAT AATTTTAAAATG GACGATCCATTAATTCAACTGTCCG(116996-)/1968 NA NA TGAAAATTTGTGAATTATCAATCAT TATAGGTGGTAT GAAAAAAAATAGAGAAAGATAAAAA(65548-)/48 GAAGGGTTTGTGAATTCTAATTCTT TTTTGAGCAGTT GAAAAAAAAGGTAAAGTGATAAAAA(72%) NA GTTGCTGTGTCAGAAGAAGGATAGC TATACTGATTCG GTAGACTCTAAAAATACCCTTGGTA(64447-)/7610 GTTGCTGTGTTAGAAGAAGGATAGC TATACTGATTCG GTATACTCGAAAGAGACCCTTGGTA(92%) ATTGCTGTGCCATAGGAAGGATAGC TATACTAATTTG GTATACTCAAAATACACCTTTGGTA(84%) TTCGCCAAATACATCATTATTGTAT ATTCTTTCATAT GTATAGCGCAACCTAATACTTCTTT(54755-)/162 TTTGCCAAATACATCATTATTCTAT ACTCTTTCATAT GTATGGCGCAACCCAATTTTTTTTT(87%) TTCACCAAATCCATCTTTATTGTAT ACTCTTTAATA- GATATAGCGCAACCCCAAATCAACT(86%) ATCTTGACAAGAAATTATCTACATG ATAAGATAAAAT GTGTATCACAAACACAAGGGCTATA(51887-)/9588 ATCTTGACAAGAATTTATTTATCTA ATATGATAAAATAT GTAGCAAAAATACCTAACTGAGCTATA(82%) ATCTTGACAAGAAATTCTCTATATA TTAAGATATCTCT GACAAGGGCTATAGCTCAGTTCGGTA(88%) TTTTCTCGCCGATTTTGATTGGAAT AGAAAGAAAAAC GAGTATTGAAAAAAAATCTACGCTT(44406-)/110 CACAATCAATTCAAACTATAAAAAT AGAAAGAAAAAGTT GTATCAAAAAAAGATCATTCGAG(82%) CACTTTTCTCCTTTTTCATTTCAAT AGAAAGAAAAGG GAAGTTTTCTAGTGTTAGCAATGTG(87%) TCCGTTGAGCACCCTATGGATATGT CATAATAGATCC GAACACTTGCCCCAGATCGACTTCC(42045-)/5447 TCCGTTGAGCGCCTTACTACTATGT CATAATAGATCC GAACACTTGCCCCGGATTAACTTCC(85%) TCCGTTAGGCACCCAATCCTTATGT CATAATAGATCC GAACACTTGCCTCAGATTGACTTCA(87%) TTTACAAGACCAGCTCGGGTTGGCT CTGGCTCGTTTA GAAAATGTAGTTAAGGGAACTATCT(25333-) CTTGCAAGATCAATTTGGATTGGCT CTGGTTCGTTTA GAAAATATAATTCGAGGAACGATAA(78%) GTTACAAGATCAATTCGGACTGGCT CTTGGTCGTTTA CAACATGCGGTTCAAAAAACTATCC(75%) ########################## # 5'-truncated artifacts # they are typical ones, more data is included in supplementary file 1 ########################## TTGTATAGCCATTCATCAACGGATG CAGCTTCCCAGA TTGGGTAAAAATGCAATCCAATAGC(1159)/45/no 5' sRNAs TTGTATAACCATTCATCAACGGATG CAGCTTCCCAGA TCGGGTAAAAGTGCAAACCAATAGC(94%) TTGTATAACCACTCATCAACAGATG CAGCTTCCCAAA TTGGGTAAAAGTGCAATCCGATCGC(89%) CAATGCATTACAGACGTATGATCAT TACGCTTCAACC GGGTTATTCTATTCCACCTCTTAGA(152748)/134/4.00%(1/25) CAATGCATTACAGACGTATGATCAT TACGCTTCAACC GGGTTATTCTATTCCACCTCTTAGA(100%) CAATGCATTACAGACGTATGATCAT TACCCTTCAACC GGGTTATTCTATTCCACTTCTGAAG(97%) TTGTATCTACATATTTGCAGTACGT TCTTTTTTTTTT GGGGGGGGTTGCTAACTCAACGGTA(4352-)/6650 TCTTTTTTTATTTTATTA GGGTTGCTAACTCAATGGTA(82%) GGGTTGCTAACTCAATGGTA(95%) ########################## # Degraded RNAs # here is a typical example, more data is included in supplementary file 1 ########################## TAAGAAAGAAATTCTGAATGCTTTA AGATTTAATATT AAACAGATATTAGTTAGATACTTCT(9794) CAGAAAGAAATAGTAAATATAATGA AGATTATTATTA TACAG-TATTTTTTAAAATACTGTA(73%) NA ########################## # Splicing intermediates # here is a typical example, more data is included in supplementary file 1 ########################## GTCCTGGAGAAGGAGATACATCTTG GGTTGACATATA GTGCGACTTGTCAGATATATCGGGC(71811-) NA TTCCCGGAGATGAAGAAGCGACTTG GGTTGACTTATA CTTGACCTAAAAAAAGTGTCCTTTC(78%) ########################## # Unknown type # here is a typical example, more data is included in supplementary file 1 ########################## TATTTATCTATTATTTCCATTTCTA TATATTATATAT AATATCTATTTCGAAAAAAGATAAG(9720)/45/9.99% (1/10) NA CCAATTTATTTAAACCCCATAT-TC TATCATATGAAT GAAATATAGTTCGAAAAAAGGGAAT(73%) ################################# # 17 TISs from previous studies#all from [8] ################################# TTGACATGGCTATATAAGTCATGTT ATACTGTTTCAT AACAAGCTCTCAATTATCTACTTAG(1522-)/111/0 TTGACACCGGTATATAAGTCATGTT ATACTGTTGAAT AACAAGCCCTTAATTCTCTATAACT(86%) TTGACATTGGTATATA-GTCTATAT TATACTGTTAAAT AACAAGCCTTCTATTATCTTTCTA(82%) TCTAGCTATATACAAAATTCTTGAT TAATAATAAGAT AAATAAATCAATTTTTTTTTTAGGG(14999-)/0/no 5' sRNAs TCTAGCTATATAAAAAATTTTTGAT TAATAAGAAGAT AAAGAAATTTAAATATTTTCCCACC(86%) TAATAAAAT AAACAAATCAATTTTTTTTT(93%) GGTATGCAATCGAATTGGAATATGT AATATCATAGGT GAAAATGAAATTACTTTTTTTTTCT(26629-)/8/0 GGTATCCAATCGAATTGGAATATGG AAT(93%) AAAAGGAAATTACTTTTTT(95%) TCCGTTGAGCACCCTATGGATATGT CATAATAGATCC GAACACTTGCCCCAGATCGACTTCC(42045-)/790/0 TCCGTTGAGCGCCTTACTACTATGT CATAATAGATCC GAACACTTGCCCCGGATTAACTTCC(85%) TCCGTTAGGCACCCAATCCTTATGT CATAATAGATCC GAACACTTGCCTCAGATTGACTTCC(87%) TATATATTGTATATACAATAAAAAA AATCTGTATATT GAGAGAATATATCTTCTTACTCTTT(45956-)/18/no 5' sRNAs TATTTTGTCTAATCTATAAAAAAAA ATGTACATATAT TGAAGGAATATAT(76%) NA ATTTTTGTGATTTAGTTGATTTATA TATATTGTATAT ACAATAAAAAAAATCTGTATATTGA(45979-)/90/0 ATTCTTATAATTAAGATGAAATATG TATAATGTATAT A-AATA(77%) NA AAAAAGGCTAATGAGATCGAAATAA TGAATCATAACT AAAGTTCCGTTTCGAATTCGCTAGA(54474-)/0/9.99%(1/10) AATAAGGACCAATGAGATAGAAAAA CGGAATCATAAAT AAAGTTCAGGTTCGAATTC(82%) NA TGACTTTTTATAAATCCAAATATTT AATATTAAAATT AAAATATTAATAAAATCACTCTTGA(54678-)/0/no 5' sRNAs TTTTTTTGAATTTTTGAATAG AATTTTCGAATCT AAA-TAATAAGACATTTACTCTTGA（66%） NA GAAAAAAGGATAATAGTATTAAAAA ACGAAACCCCAA TTTTACGTTTCCACATCAAAGTGAA(71940-)/0/0 NA CCAT TCTTACGTTTCCATATTAAAGTG(85%) AATAAATTAACAGAATCCTTCTTTT TGAGATCTAAAT TTAGATTTTTTTCTAAAATGAAGAA(123701-)/0/no 5' sRNAs AGAT-TAGAT TTAGAATTGATTCTAAAATTATGAA(69%) AATAAATCAGCAAAATTCTTTTATT TTAGATAGAAGA AACTTTTCTTCTATCTAAAATAAA(67%) TACTAAAAAAGTTCTTAATATTCTT ATATTCATAAGC GAAGAACAAATATTTCTTTTTTTTT(56823)/0/no 5' sRNAs ATTAAACATC AAACAAAGAATATTTTTTTTTTTTT(74%) AAAAAATATCTTAAGATTCTT AT(87%) TATAAGAAAATCCTTCTTTTCATTT AGAATTAAAATT GATTCATTTCAATTACTTTACTTAA(56903)/0/no 5' sRNAs TCCTTCTATTACTTT AAATTTAGATTG GATTCA(76%) NA AAGAATGGATAAGAGGCTCGTGGGA TTGACGTGAGGG GGTAGGGGTAGCTATATTTCTGGGA(100873)/0/1.75%(2/114) AGAATGGATAAGAGGCTCGTGGGA TTGACGTCAGGG TATAGAGGGCTATATTATATTTCTGGGA(88%) GGGAATGGATAAGAGGCTTGTGGGA TTGACGTGATAG GGTAGGGTTGGCTATACTGCTGGTG(88%) TTGACGTGAGGGGGTAGGGGTAGCT ATATTTCTGGGA GCGAACTCCATGCGAATATGAAGCG(100898)/35/18.61%(43/231) TTGACGTCAGGGTATAGAGGGCTAT ATTATATTTCTG GGAGGCAACTCTGAGCGAATATGAAACG(78%) TTGACGTGATAGGGTAGGGTTGGCT ATACTGCTGGTG GCGAACTCCAGGCTAATA(82%) ATTCATTTAATATCCCTTTGGTGTC ATTGACATAAGA GATGTCGTTTCTAGTCTATCTCTTT(109301)/0/59.88%(3/5) NA ATCCCTTTGGTCTT ATTGACATAAGA GATGTCATTTATAGTCTATCTCTTT(92%) TTTCTATATATGGAAAGTTGCAAAA TCATCATATAAT AATCCAGAAATTGAAATAGAAAAGA(109366)/0/99.01%(1/1) TATATATAGAAATACTTGAAAAATC ATAATAAAGAAA T(76%) TTTCTATATATGGAAAGTCAAGAAA TTCTCATCGAAA CATCGAGAAATTGTGCATATAGAAAA(76%) TATATGGAAAGTTGCAAAATCATCA TATAATAATCCA GAAATTGAAATAGAAAAGAAAAAAG(109372)/20/0 AAATCAAATT CATTATTATTAA GAAATTCAAATAGATATAAAAA(73%) TATATGGAAAGTCAAGAAATTCTCA TCGAAACATCGA GAAATTGTGCATATAGAAAACTCTA(74%) ################################### # Transcripts on the light strand # ################################### #Here are typical examples #Subread ID,(Start-End),PolyA-like site,Genes >6853-7917(psbK/psbI) SRR17520069.1396877,(6853-7917),ATAAAAAAAAAAAAA,psbK/psbI >8643-9572(tRNA-Gly) SRR17520069.1578270,(8643-9572),AACAATAGGAAA,tRNA-Gly* >9720-11499(Unidentified) SRR17520069.10658797,(9720-11499),AAGAAAAAAAAA,Antisense transcript >16985-19052(Unidentified) SRR17520069.262423,(16985-18062),CTTCCTCAGGAATG(IR),Antisense transcript SRR17520069.719560,(16985-19052),ATGAAAA,Antisense transcript >26723-29723(tRNA-Cys/petN) SRR17520069.1256943,(26723-27803),AAAAATAAAAAA,tRNA-Cys/petN SRR17520069.1980926,(27152-27803),AAAAATAAAAAA,tRNA-Cys/petN SRR17520069.12107738,(27469-29069),AATAAAAAAAAAA,tRNA-Cys/petN SRR17520069.8909389,(28037-29723),AAAAAGAAAAA,tRNA-Cys/petN >29536-29679(novel ORF) ATGTATTATACGCGATCCTATTCCATTTTCCTACACGAAATTATGGGAGAGCGGTTGACAAAAAGCGGAAACCCCATACAGTATCTCTTTCTTGAAGTGTTGAATGCTCTCAATAATTCATTTACATATGTTTCTCTACCCTAG >31393-36163(tRNA-Thr/psbD/psbC/psbZ) SRR17520069.5223102,(31393-36163),AAATATGAAATAGTAATAAAAAAAAATAAATAAAAAAAACGAAAAAA,#tRNA-Thr/psbD/psbC/psbZ SRR17520069.19246961,(31393-32379),AAAAAAGAAAAAAAAAA,#tRNA-Thr SRR17520069.2545281,(31464-32379),AAAAAAGAAAAAAAAAA,Non-coding region SRR17520069.1141700,(31464-32253),AAAGAAAATAGAAAAAAA,Non-coding region SRR17520069.11885933,(31479-32243),AAAGAAAA,Non-coding region SRR17520069.16498917,(32344-35277),AAGAAGTAAAAAAA,psbD/psbC >44234-46196(Unidentified) SRR17520069.15496609,(44234-46196),AAAAAAAAA,Antisense transcript >47545-51119(Unidentified) SRR17520069.6028449,(47545-51119),AGAAA,Antisense transcript SRR17520069.17194446,(49900-51119),AGAAA,Antisense 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